Allerede i 1180 bygde Vilhelm III av Montpellier det medisinske fakultetet, det eldste i landet, og byens universitet ble bygget i 1220 og ble raskt et av de viktigste i landet. Montpellier fikk tidlig et rykte som et senter for lærdom. I århundrene som fulgte, møtte Montpellier mange utfordringer. På 1300-tallet ble byen rammet av pest, og etter at Provence ble gjenforent med Frankrike i 1481, tapte Montpellier terreng til Marseille, som raskt overtok størstedelen av handelen med Orienten. Under reformasjonen på 1600-tallet ble Montpellier høyborg for de franske protestantene, hugenottene. Etter åtte måneder med harde kamper inntok den franske kongen Ludvig XIII byen i 1622, og deretter bygget han la Citadelle de Montpellier for å beskytte byen mot ytterligere uroligheter. Ludvig XIV gjorde Montpellier til administrativ hovedstad i Bas-Languedoc, og deretter begynte et omfattende byforskjønnelsesprogram med byggingen av Promenade du Peyrou, l'Esplanade og et stort antall bygninger i det historiske distriktet. Etter den franske revolusjonen ble Montpellier hovedstad i departementet Hérault.

Montpellier er fortsatt i dag først og fremst kjent for sitt universitet, som er et av de viktigste i landet. Selve byen Montpellier er en fascinerende kombinasjon av gammelt og nytt. Det svært interessante middelalderkvarteret, Centre historique, byr på små, trange gater, vakre torg og middelalderbygninger, samt et stort utvalg av spisesteder og luksusrestauranter. Bortsett fra gamlebyen er Montpelliers hovedattraksjon, som innbyggerne med rette er stolte av, Promenade de Peyrou, en stor park med en firkant fra 1700-tallet og en vakker fontene. Rett ved siden av ligger triumfbuen Porte de Peyrou fra 1600-tallet. Andre attraksjoner er kunstmuseet Musée Fabre, der den italienske, flamske og franske malerskolen er rikt representert.